- Saadjärve
- Saare
- Saari
- Sääse
- Saha
- Sakla
- Salda
- Salme
- Sandla
- Sargvere
- Saru
- Sauga
- Saula
- Saunja
- Savala
- Saverna
- Savikoti
- Selja
- Seljametsa
- Sihva
- Silla
- Sillapää
- Sinialliku
- Siniküla
- Sinimäe
- Sirgu
- Soinaste
- Sojamaa
- Soldina
- Sõmerpalu
- Sõmeru
- Sompa
- Soodoma
- Soometsa
- Soomevere
- Sooru
- Sõtke
- Sudiste
- Suislepa
- Sulbi
- Sultsi
- Supsi
- Sürgavere
- Surju
- Sutlema
- Sutlepa
- Suure-Kambja
- Suuremõisa
- Suurküla
- Suurpea
- Suurupi